By an Av Hatum’oh Mid’ohraisoh - באב הטומאה דאורייתא
Summary:
There are אבות הטומאה מדרבנן. Indeed ר"מ could have derived his ruling whether it became נטמא באב הטומאה דאורייתא or דרבנן (according to the מ"ד that אין אוכל מטמא אוכל) however the בשר שנטמא בולד הטומאה must be בטומאה דרבנן.
Summary:
According to רש"י the בשר שנטמא בולד הטומאה touched a כלי which was נטמא במשקין מדרבנן. However ר' יוסי will maintain that we cannot derive איסור from טומאה. According to תוספות the בשר שנטמא בולד הטומאה touched (משקין טמאין (שני (which are מטמא אחרים only מדרבנן), while ר' יוסי maintains that טומאת משקין לטמא אחרים is דאורייתא (or רחס"ה is discussing a case where the בשר was נטמא בעצים ולבונה).
For Mid’ohraysoh he is a genuine Tohoir - דמדאורייתא טהור מעליא הוא
Summary:
If we maintain אוכל מטמא אוכל we assume the equivalency of איסור and טומאה and we derive from רחס"ה that one may make from an איסור דרבנן a טומאה דאורייתא. However, if we maintain אין אוכל מטמא אוכל we derive from both רחס"ה and ר"ע the equivalency of דאורייתא ודרבנן so we can derive (from ר"ע) that we can increase a פסול/איסור to טמא.
Summary:
According to ר"ל the case of בשר שנטמא בולד טומאה דאורייתא is (according to the מ"ד אין אוכל מטמא אוכל) where it became טמא through משקין before the גזירה of כל הפוסל וכו' מטמא משקין להיות תחלה. He mentions דאורייתא to say that even if רחס"ה is discussing דאורייתא, we still can derive ר"מ from ר"י, or he says דאורייתא so רחס"ה can even follow the view of ר"א.
There arose a questionable Tum’oh by a barrel - חבית שנולד לה ספק טומאה
Summary:
ספק טומאה according to רש"י means that a טמא person may have touched this barrel; תוספות however maintains that a טמא person touched one of two barrels. We do not rule ספק טומאה ברה"י טמא if it results in an untruth.