But it states that its flesh is Tomei - הא בשרה טמא קתני
Summary:
The מי חטאת can be מטמא as משקין even after the טומאה חמורה left, because initially it was מטמא as משקין (since it needs to be ראויין לשתיית אדם); as opposed to בשר הפורש מאמה"ח which is not מטמא אוכלין without הכשר שרץ, because initially it was only מעשה עץ and not considered אוכלין.
They were nullified in her intestines - בטלו במעיה
Summary:
Regarding מי חטאת; before קידוש there is the issue of מלאכה (and חיותן בכלי), which renders it פסול, but not after קידוש where they become פסול (only) through היסח הדעת).
And what if by a utensil which is מטמא liquids - ומה כלי שמטמא משקין
Summary:
The rule of אין טומאה עושה כיוצא בה does not indicate a weakness in the טומאה level of the מטמא. There is no פסוק that משקין הבא מחמת מת can be מטמא (only מחמת שרץ).