Summary:
רש"י maintains that the opinion of the רבנן is that the בעל הבור is פטור (because [according to תוספות understanding] he is not a מזיק) and the בעל השור has to pay a ח"נ for a תם and a נ"ש for a מועד. We know that the רבנן maintain כי ליכא לאשתלומי מהאי לא משתלם מהואי from the fact that the בעל הבור is פטור by a תם.
However תוספות maintains that by a תם the בעל השור pays a רביע נזק and by a מועד a ח"נ. The proof that the רבנן maintain that כי ליכא לאשתלומי מהאי לא משתלם מהאי is from the fact that the בעל השור dos not pay for the exemption of the בעל הבור.
אנא תוראי בבירך אשכחתיה - I found my ox in your pit
Summary:
Even if we maintain האי כוליה הזיקא עביד, we can still distinguish between the case of בור and the case of בשר ואימורין; and certainly if we maintain האי פלגא הזיקא עביד, it is understood why אין גובה מבשרן כנגד אימורין.