He did not create it for a waste; he formed it to be settled - לא תוהו בראה לשבת יצרה
Summary:
The משנה cites שבת (instead of פו"ר) because, a) שבת is the deciding factor to force the master to free him, b) שבת is a מצוה רבה, and c) there is a חיוב of שבת on the עבד (ושפחה), but no חיוב of פו"ר.